Bagian metode dalam sebuah artikel ilmiah memiliki tujuan utama untuk menjelaskan secara tepat apa yang Anda lakukan dan bagaimana melakukannya dengan detail yang cukup sehingga pembaca biasa dengan sumber daya yang sama dapat mereproduksi penelitian Anda.
Harus ada metode yang dijelaskan untuk setiap hasil yang Anda ingin sertakan dalam bagian hasil - dengan kata lain, Anda tidak dapat menampilkan hasil uji atau analisis yang tidak disebutkan dalam metode. Sebaliknya, jika detail dari prosedur apa pun telah diterbitkan sebelumnya di tempat lain, maka ringkasan singkat akan cukup, disertai dengan referensi ke publikasi terkait.
Anda sebaiknya memulai dengan menentukan desain penelitian (prospektif/retrospektif, acak atau non-acak, ganda-butak atau terbuka, terkendali, crossover, faktorial, dan lain sebagainya). Setiap pilihan metodologi yang tidak umum untuk desain penelitian Anda sebaiknya dibenarkan, baik melalui referensi yang sesuai atau pedoman, atau dengan penjelasan tentang konteks khusus yang memerlukan pendekatan tertentu. Selanjutnya, akan mengikuti deskripsi tentang siapa atau apa yang Anda teliti, yaitu populasi penelitian (hewan, subjek manusia, sel, dan sebagainya). Untuk sebagian besar praktisi klinis, populasi penelitian akan terdiri dari subjek manusia, dan oleh karena itu, inklusi dan non-inklusi harus dijelaskan. Prosedur untuk mengidentifikasi pasien yang memenuhi syarat juga harus diuraikan (konsultasi, penerimaan baru, putaran harian, pertemuan staf, pertemuan tinjauan kasus, dan sebagainya).
Perlu dicatat bahwa untuk penelitian retrospektif, metode harus dimulai dengan deskripsi sumber data penelitian, yaitu kriteria inklusi dan non-inklusi dan jumlah akhir catatan kasus dan/atau pasien yang dipilih. Namun, untuk penelitian prospektif, metode harus menjelaskan inklusi dan non-inklusi, tetapi jumlah akhir pasien yang disertakan dianggap sebagai hasil dan oleh karena itu, harus diindikasikan dalam bagian hasil, bukan dalam metode.
Setelah menjelaskan populasi penelitian, Anda dapat melanjutkan dengan menjelaskan semua metode yang digunakan untuk mengukur semua parameter utama yang dicatat dalam penelitian Anda. Anda harus menentukan endpoint primer dan sekunder, beserta metode yang digunakan untuk mengukurnya. Ini sangat fundamental, karena pilihan endpoint primer kritis untuk kesuksesan penelitian. Ini adalah satu-satunya kriteria yang memungkinkan Anda untuk membuat kesimpulan formal tentang hasil penelitian, dan oleh karena itu, harus dipilih dengan cermat. Sekali lagi, titik ini seharusnya sudah dipertimbangkan secara mendalam selama tahap perencanaan. Hal ini sekali lagi menunjukkan betapa pentingnya diskusi dan refleksi yang tepat pada tahap perencanaan proyek penelitian Anda.
Kembali ke bagian metode, setiap tes darah, intervensi, operasi, kuesioner, teknik pencitraan, dan lain sebagainya harus dijelaskan secara rinci, dengan memberikan detail produsen (nama produsen, kota, dan negara perusahaan) untuk peralatan atau tes khusus yang digunakan.
Kalimat pendek dapat digunakan untuk menjelaskan mengapa setiap pengukuran diambil. Subjudul juga dapat berguna untuk memisahkan bagian metode menjadi subseksi yang relevan, misalnya data demografis, pengukuran angiografi, pengobatan, dan sebagainya.